北京时间12月10日，2016赛季亚洲冠军联赛分组抽签仪式在马来西亚吉隆坡的八打灵查亚希尔顿酒店进行。中超冠军广州恒大队与悉尼FC队、J联赛球队（浦和红钻或大阪钢巴）以及资格赛1（可能韩国的浦项制铁队）同组；江苏舜天队则同K联赛冠军全北现代、越南冠军平阳FC队和一支需要通过打资格赛的日本球队（浦和红钻或FC东京）同组。从资格赛轮打起的上海上港队与墨尔本胜利、天皇杯冠军和水原三星同组；需要打两轮资格赛的山东鲁能队如果晋级正赛阶段，则会同广岛三箭、首尔FC和武里南联队同在F组。
作为亚足联承办的亚洲俱乐部顶级赛事，中超球队连续第二年以2+2的方式参加，即中超冠军广州恒大和足协杯冠军江苏舜天直接从小组赛阶段打起，将迎来本队亚冠首秀的中超亚军上海上港队则需要参加资格赛第三轮来争夺一个正赛席位，更早投入战斗从资格赛附加赛第二轮打起的中超季军山东鲁能队要想拿到正赛入场券就需要连过两关才行。由于亚足联为资格赛设定了几大原则，因此资格赛阶段无需抽签，对阵“自然”产生。
东亚区分组一览| E组 | 全北现代 | 江苏舜天 | 越南平阳 | 资格赛队2(浦和红钻或东京FC所在) |
| F组 | 广岛三箭 | 首尔FC | 武里南 | 资格赛队3(山东鲁能所在) |
| G组 | 墨尔本胜利 | 天皇杯冠军 | 水原三星 | 资格赛队4(上海上港所在) |
| H组 | 广州恒大 | 悉尼FC | 大阪钢巴或浦和红钻 | 资格赛队1(浦项制铁所在) |
北京时间12月10日，2016赛季亚洲冠军联赛分组抽签仪式在马来西亚吉隆坡的八打灵查亚希尔顿酒店进行。中超冠军广州恒大队与悉尼FC队、J联赛球队（浦和红钻或大阪钢巴）以及资格赛1（可能韩国的浦项制铁队）同组；江苏舜天队则同K联赛冠军全北现代、越南冠军平阳FC队和一支需要通过打资格赛的日本球队（浦和红钻或FC东京）同组。从资格赛轮打起的上海上港队与墨尔本胜利、天皇杯冠军和水原三星同组；需要打两轮资格赛的山东鲁能队如果晋级正赛阶段，则会同广岛三箭、首尔FC和武里南联队同在F组。
2016年亚冠联赛共有17个国家和地区的共45支俱乐部球队获得了本届赛事的参赛资格，其中东亚区为25支，西亚区为20支。与近几届亚冠联赛一样，在最后决战前将严格按照东、西大区来进行，即11月19日和26日决赛两回合比赛前不同大区的球队将不会碰面。东、西亚大区各有12支球队将直接获得正赛资格，而剩余8个正赛席位（东、西大区各4个）则需要通过资格赛轮决定。
由于从2015赛季开始亚足联为亚冠联赛分组设定了“同国球会在小组赛中不能相遇”、“强队保护原则（即韩日澳中联赛冠军不能分在同一小组）”“资格赛球队不同组”等等一系列原则，因此许多球队的命运在抽签前便已经有了大概的方向，因为套用“公式”就能提前知晓本组的确切对手。在抽签仪式前，现场还进行了具有马来西亚特色的文艺表演，以及通过大屏幕播放精彩集锦回顾了2015赛季亚冠联赛。广州恒大队的俱乐部董事长刘永灼亲临抽签现场。
在对抽签原则解释过后，亚足联秘书处竞赛部负责人、来自韩国的申晚吉主持抽签仪式，在完成对西亚区球会的分组抽签后，最后完成了对东亚区球队的抽签，中超BIG4也各自落定位置。西亚区分组情况：
A组：塞帕罕（伊朗）、阿尔纳斯尔（阿联酋）、塔什干火车头（乌兹别克斯坦）、资格赛1（沙特或约旦球会）
B组：阿尔纳斯尔（沙特）、佐巴罕（伊朗）、莱赫维亚（卡塔尔）、资格赛3（乌兹别克斯坦或阿联酋球会）
C组：棉农（乌兹别克斯坦）、阿尔希拉尔（沙特）、大不里士萨济拖拉机（伊朗）、资格赛4（阿联酋或卡塔尔球会）
D组：阿尔艾因（阿联酋）、纳萨夫（乌兹别克斯坦）、阿尔阿赫利（沙特）、资格赛2（伊朗或卡塔尔球会）
本赛季亚冠联赛将于2016年1月27日开战，不过中超球队（山东鲁能）亮相则需要等待2月2日，2月9日山东鲁能队(如果顺利晋级)和上海上港队会要打资格赛阶段第三轮比赛。正赛小组赛六轮比赛将于2月23、24日，3月1、2日，3月15、16日，4月5、6日，4月19、20日，5月3、4日进行，在八个小组中排名前两位的球队将晋级到淘汰赛阶段。
16强战两回合比赛会在5月17、18日，5月24、25日进行，之后9月13、14日，9月20、21日将打1/4决赛，半决赛定在10月18日、19日和10月25、26日，最后的决赛则会于11月19日和11月26日两天进行。2016赛季，亚足联将在以往亚冠单赛季总奖金2千万美元的基础上，增加到3千万美元。冠军奖金翻倍到300万美元，亚军奖金也增加到150万美元。
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